Em 2138, quando os jogos de realidade virtual estão em alta, o popular game online Yggdrasil é inesperadamente encerrado. Momonga, o protagonista, decide não sair do jogo e se vê transformado na forma de um poderoso mago esqueleto. Conforme o mundo virtual muda e os NPCs começam a demonstrar emoções, ele luta para conquistar esse novo universo que o jogo se tornou.
