Dois anos após o ataque da CCG ao Anteiku, Tóquio vive sob a crescente influência da organização, enquanto os ghouls, especialmente o grupo terrorista Aogiri Tree, adotam novas estratégias para sobreviver. Para enfrentar essa ameaça, a CCG forma a equipe especial Quinx, composta por humanos que passam por cirurgias para adquirir habilidades únicas dos ghouls. Liderada por Haise Sasaki, um meio-ghoul treinado pelo renomado investigador Kishou Arima, a equipe parte em missões para eliminar esses perigosos seres — enquanto Haise luta para entender os mistérios que rondam sua própria identidade.
