Após uma invasão que dizimou 90% da humanidade, os sobreviventes vivem em um abrigo onde suas vidas são controladas e as lembranças do ataque apagadas. Três adolescentes são escolhidos para pilotar máquinas que se unem formando o robô Musashi, feito de uma liga especial chamada Megatronium. A série mistura cenas de ação robótica com a rotina escolar desses jovens.
