Após a ameaça de extinção causada pelos invasores alienígenas Zentradi, a humanidade envia frotas de naves colonizadoras para o espaço em busca de um futuro. Na frota Macross Frontier, a vida do estudante Saotome Alto muda completamente quando a frota é atacada por criaturas desconhecidas durante um show da idol Sheryl. Alto acaba pilotando um caça avançado para defender Ranka Lee, uma garota que conheceu pouco antes, enfrentando a destruição dos invasores. Reconhecido por sua habilidade, ele é convidado a integrar a companhia militar privada S.M.S., onde continua protegendo seus amigos e a frota.
