Em um mundo onde criaturas voadoras chamadas Zai surgem de repente, a humanidade desenvolve caças chamados "Daughters" e máquinas de combate automáticas chamadas "Anima", com aparência de garotas. A trama acompanha Kei Narutani, um jovem que sonha em voar, e Gripen, uma Anima considerada a última esperança da humanidade. Juntos, eles enfrentam os desafios desse novo céu ameaçador.
