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A história acompanha Haruka Nanase, um garoto apaixonado por nadar e estar em contato com a água. Após vencer um torneio na escola primária ao lado dos colegas Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki e Rin Matsuoka, eles seguiram caminhos diferentes. No ensino médio, Rin reaparece desafiando Haruka, que então reúne os amigos antigos e um novo integrante, Rei Ryugazaki, para formar o clube de natação da escola Iwatobi e enfrentar esse desafio.