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Yashiro Isana leva uma vida simples e tranquila na moderna cidade de Shizume, onde frequenta a Ashinaka High School, localizada em uma ilha próxima. Conhecido por sua simpatia, ele parece ser um garoto comum, exceto pelo seu hábito de esquecer onde deixou seu PDA escolar. Tudo muda após o assassinato de Tatara Totsuka, membro importante do HOMRA, quando Yashiro começa a ser perseguido pelos integrantes do clã vermelho, que o acusam do crime devido a uma estranha semelhança. A partir daí, sua rotina pacata se transforma em um intenso jogo de suspeitas e perseguições.